Для ответа на многочисленные вопросы где взять данные MODIS - новая статья - иллюстрированное описание каталога LAADS Web, главного источника данных первого уровня обработки. Статья описывает работу с каталогом + некоторые детали облегчающие выбор. Обработка полученных данных уже описанна в других статьях, как вручную сцена за сценой, так и пакетом, с помощью специальной программы. Так [...]

Работа с данными MODIS отличается от работы с другими, более распространенными типами данных ДЗЗ, формат данных в котором они распространяются HDF, требует специальных инструментов для импорта, количество данных на порядки больше. На GIS-Lab уже скопилось довольно много материалов про сами данные MODIS 2-4 уровней обработки и о том, как их импортировать.
Остается неосвоенным массив данных первого [...]

Обновился MRT - MODIS Reprojection Tool, пожалуй, единственный нормальный продукт корректно импортирующий данные MODIS уровней обработки 2G, 3, 4 и легко автоматизируемый. Кроме набора утилит работающих из командной строки, есть так же графический пользовательский интерфейс на Java. Скачать MRT 4.0 можно с официального сайта, где потребуется зарегистрироваться.
В новой версии (из актуального):

наконец-то исправлено странное поведение растровых [...]